In epoca medioevale in questo luogo era presente un grande scriptorium nel quale furono copiate moltitudini di codici, alcuni di questi persino miniati. Attualmente il museo dispone di 155 codici che sono giunti a noi in buone condizioni, così come di 800 documenti su pergamena, circa 300 incunaboli e 1055 volumi di libri antichi o rari del XVI, XVII e XVIII secolo.

 

Dato il gran numero di tesori letterari qui custoditi, intorno al 1534, Juan de Badajoz el Mozo è incaricato della costruzione di questa biblioteca, considerata uno dei migliori esempi rinascimentali della città di León, alla quale attraverso una porta monumentale. 

 

La sala è coperta da una cupola centrale, di forma ovale e decorata con profeti, teschi, fiori e festoni. Nei pennacchi spiccano i medaglioni e la parete è attraversata da un'ampia fascia che con lettere dorate raccoglie la nota litania isidoriana. 

 

Tra i volumi che compongono questo patrimonio, ci sono diversi pezzi d’inestimabile valore: 

 

Il fiore all’occhiello è la Bibbia Visigoto-Mozarabica o Codex Biblicus Legionensis (960). Oltre che per la sua datazione, questa Bibbia spicca dal punto di vista artistico per la grande abbondanza e la qualità delle sue miniature che spiccano per la ricchezza dei loro colori, l’espressività delle figure e anche per la loro importanza come documento storico nel rappresentare la vita sociale della Spagna cristiana del X secolo, presente in palazzi, templi, corredo, tenute civili o da guerra ecc. Al giorno d’oggi gli esperti la considerano il codice biblico per eccellenza della liturgia mozarabica. 

 

La Bibbia del 1162 è la chiara dimostrazione dell’esistenza, in  questo luogo, dell'importante scriptorium medioevale, in quanto tale Bibbia fu scritta nel monastero di San Isidoro seguendo il modello della Bibbia del 960. Furono copiate le miniature e le storie bibliche dell'altra, mentre edifici, corredo, abiti e armi furono adattati al nuovo stile. E' possibile apprezzare, inoltre, l'evoluzione dello stile per quanto attiene al trattamento del colore e alla qualità del disegno. 

 

I Codici Di San Martino, un illustre canonico di questa casa che, alla guida di sette scrivani, scrisse una serie di trattati inquadrabili nello stile del 1200. Si tratta di una serie di volumi dotti sull'edificazione dei canonici, e su temi teologici e monastici. Dal punto di vista artistico, risaltano le sue iniziali riccamente decorate accompagnate da personaggi che si distinguono per l'uso del colore e la qualità del loro disegno, come nel caso di San Isidoro o del ritratto dell'autore stesso.

 

Le più recenti miniature conservate in questo museo sono Cantorini del tardo gotico e dell'epoca barocco che erano usati come libri corali per le ore canoniche che vanno dalle mattutine fino alle complete e che ogni giorno i monaci collocavano sul leggio al centro del coro. Tra questi attira l'attenzione un Cantorino del XV secolo contenente canti di Avvento, Epifania e Natale; quest'ultimo, quello di Natale, spicca per la sua Nascita miniata, opera di Nicolás Francés (1450 ca.), autore anche del retablo della Cattedrale di León