La sua origine è legata alla Legio VII Gemina romana che nell’anno 68 D.C. istituì il campo militare che diede origine alla città di León.
Fu re Sancho I (m 966), detto “il Grasso” (El Gordo), figlio del re Ramiro II, colui che qui fondò un monastero per accogliere le spoglie del bambino martire San Pelagio. Al fine di occupare questo monastero, Sancho chiese a sua sorella, la monaca Dª Elvira Ramírez, di trasferire qui la sua comunità, vincolando questo luogo con la celebre istituzione della Signoria, consistente nel dominio sui vari monasteri e sui vasti possedimenti sui vasti possedimenti in dote alle infante nubili.
La città di León fu distrutta dagli eserciti di Almanzor intorno all'anno 1000 e con essa il monastero.
STORIA DELLA REAL COLLEGIATA:
Accanto a una chiesa in onore di San Giovanni Battista, re Alfonso V (999-1027) fece ricostruire, in fango e mattoni, il monastero, impostando in esso una comunità di suore. Questo re trasferì qui i resti dei re di León dispersi in varie chiese del regno, tra cui quelli dei suoi genitori, il re Vermudo II e la regina Elvira, creando il cimitero reale. Così sorse il complesso formato dalla Chiesa di S. Giovanni Battista, il Monastero di San Pelagio e quello che secoli dopo sarà denominato Pantheon dei Re di León.
Il 21 Dicembre 1063, in occasione della consacrazione della chiesa, fu eseguita la traslazione del corpo di San Isidoro; ciò fece in modo che il complesso si arricchisse delle donazioni di gioielli e paramenti liturgici, i quali sono stati conservati fino ad oggi nel nome Tesoro di León.
La figlia di Ferdinando I e Sancha, l’infanta Doña Urraca Fernández “La Zamorana” (m. 1101), padrona della Signoria, ampliò la chiesa dei suoi genitori e fece grandi donazioni. Inoltre, decorò con oro e pietre preziose la ciotola agata di origine romana, componendo il "Calice di Doña Urraca", il cui originale si può ammirare al museo e che recenti studi ricollegano al Calice dell'Ultima Cena.
Seguendo le orme della sua famiglia, sarà Doña Sancha Raimúndez (m. 1159), insieme a suo fratello l'Imperatore Alfonso VII, a continuare i lavori della nuova chiesa che sarà consacrata nel 1149.
A quel punto, la comunità di monache benedettine fu sostituita da un Cabildo di Canonici Regolari che governò il tempio e l'abbazia fino al 1956, data in cui la custodia passò a una comunità di sacerdoti che da quel momento si dedica alla vita liturgica e intellettuale della Collegiata, della basilica e del Museo-Pantheon aperto a migliaia di visitatori ogni anno.
Attualmente il biglietto d'ingresso del museo comprende la visita a cinque spazi: Il Calice, il Pantheon Reale, la Biblioteca, il Tesoro e il Chiostro. Inoltre, il complesso comprende la Basilica e l'Hotel-Ristorante Real Colegiata.