Per consacrare una chiesa nel Medioevo, oltre a dotarla reliquie era pratica comune offrire oggetti sacri e ricchi pezzi che costituivano il Tesoro, in questo caso donato dalla nobiltà di León.
Situata sulla Sala del Capitolo, il luogo in cui si riuniva la comunitá monastica nella età media.
Tra i ricchi pezzi che si possono ammirare in questo spazio, dal punto di vista artistico, spicca lo Scrigno d'avorio che fu realizzato nel 1059 nella bottega di León fondata dai re e fu utilizzato per contenere le reliquie di San Giovanni e di San Pelagio. Ha un'anima in legno e 25 placche d'avorio superbamente intagliate con i rilievi degli apostoli, l'Agnello mistico circondato da tetramorfi, i cori degli angeli e i quattro fiumi del Paradiso.
Qui si può ammirare anche l’Arca delle reliquie di San Isidoro, datata 1063. Ha un’anima in legno, ricoperta da lamine in argento sbalzato, con scene del Paradiso. L’interno del coperchio è un ricamo andaluso.
L’Arca smaltata di Limoges è un reliquiario che arrivò a León come offerta votiva di alcuni Pellegrini, risalente al XII secolo e proveniente dalle botteghe di Limoges. Realizzata con la tecnica del rame smaltato a fuoco, il suo colore blu cobalto è rappresentativo di ciò che si ottiene sottoponendo l’ossido di cobalto a temperature elevate. Ha un’anima in legno di quercia e su di essa sono disposte 17 lastre di smalto con le figure di Cristo crocifisso e in gloria, Maria, Giovanni, i Tetramorfi, gli angeli e gli apostoli.
Inoltre, è possibile contemplare una collezione di gioielli arabi di piccole dimensioni (cofanetti, vada d’avorio, scrigni, cuori d’argento), che furono probabilmente bottino di guerra o dono di re musulmani. Alcuni provengono da Al-Andaluse e tra questi figura lo Scrigno delle lepri, intagliato in avorio, così chiamato per via della sua decorazione.
Un pezzo eccezionale è l’Idolillo scandinavo, un cofanetto cilindrico in corna di renna datato alla seconda metà del X secolo, il cui utilizzo è dibattuto dagli esperti; si tratta dell’unico esemplare di arte vichinga esistente in Spagna.
Altri pezzi esposti sono: il Portapaz in avorio (XII secolo), l’Ara di doña Sancha, donata nel 1147 e la Croce processionale di Enrique de Arfe, noto autore dell’ostensorio della Cattedrale di Toledo. Allo stesso tempo, è esposta una collezione di tessuti del X e XI secolo, i quali sono resti di costumi reali rinvenuti nelle tombe del Pantheon.
Il museo della Real Collegiata custodisce altri pezzi che al momento non è possibile trovare esposti, i quali sono in attesa di una nuova ubicazione. Tra questi spicca l’emblematico Pendón de Baeza, un pennone cremisi in taffetà ricamato, su entrambi i lati, con la figura di San Isidoro a cavallo. Appare lo stemma reale e più in alto una nube da cui emerge una mano con una spada e una stella, allusive a Santiago apostolo. Secondo la leggenda, San Isidoro intervenne durante l’assedio di Baeza nell’anno 1147.