L'origine de la ville de León este liée à la Legio VII Gemina romaine. Celle-ci y établit son campement militaire autour de l'an 68 de notre ère, donnant ainsi naissance à la ville de León.
C'est le roi Sancho Ier “Le Gros” (m 966), fils du roi Ramiro II, qui fonda ici un monastère pour abriter les restes de l’enfant martyr, Saint Pelaye. Quant au peuplement du lieu, le roi Sancho demanda à sa sœur, Elvira Ramírez de s’y installer avec sa communauté de religieuses, reliant ainsi cet endroit à la célèbre institution de l'Infantado. Celle-ci se caractérisait par la domination exercée sur de nombreux autres monastères, et par l'abondance de ses possessions, provenant des dots des infantes célibataires.
La ville de León et son monastère furent ravagés par les troupes d’Almazor vers l’année 1000.
HISTOIRE DE LA COLLÉGIALE ROYALE:
Le roi Alphonse V (999-1027) fit reconstruire, en terre cuite et en briques, le monastère et une église en l'honneur de Saint Jean-Baptiste. Il y installa une communauté de religieuses et créa le cimetière royal en transférant les dépouilles des rois de León qui étaient dispersées dans différentes églises du royaume, comme c’était le cas de celles de ses parents, le roi Bermudo II et la reine Elvira. C’est ainsi que fut fondé l’ensemble formé par l’église de Saint Jean-Baptiste, le monastère de Saint Pélaye, appelé plusieurs siècles plus tard Panthéon Royal.
Le 21 décembre 1063, en raison de la consécration de l’église, s’effectua le transfert de la dépouille de Saint Isidore. À cette occasion l’église reçut de splendides dons de bijoux et d’ornements liturgiques. Ces pièces sont parvenues jusqu’à nous et vous pouvez aujourd’hui les admirer sous le nom du Trésor de León.
La fille de Ferdinand I et de Sancha, l’infante Urraca Fernández «La Zamorana», à la tête de l’Infantado , fit agrandir l’église de ses parents et réalisa de magnifiques donations. Elle décora la coupe en agate d’origine romaine, la dota d’or et de pierres précieuses, formant ainsi «Le Calice de Doña Urraca». Vous pouvez contempler l’original au musée de Saint Isidore. De récentes recherches l’associent au Calice de la Dernière Cène.
Suivant les pas de sa famille, l’infante Sancha Raimúndez (m. 1159) fit achever, avec l’aide de son frère l’empereur Alfonso VII, les travaux de la nouvelle église qui fut consacrée en 1149.
Par la suite, la communauté de religieuses bénédictines fut remplacée par un chapitre de chanoines réguliers qui dirigea l’église et l’abbaye jusqu’en 1956. Á cette date, la direction passa entre les mains d’une communauté de sacerdoces qui, depuis ce jour, prend en charge la vie liturgique et intellectuelle de la Collégiale, de la basilique et du Musée-Panthéon, recevant des milliers de visiteurs chaque année.
Aujourd’hui l’entrée du musée comprend la visite de cinq espaces : La salle du Calice, le Panthéon Royal, la Bibliothèque, le Trésor et le Cloître. L’ensemble inclut également la Basilique et de l’Hôtel-Restaurant.